
Nel cuore del XXI secolo, la Terra si trova nel mirino di un'imminente catastrofe a causa di misteriose sparizioni e fenomeni inquietanti. Sotto questa minaccia si cela una razza di cyborg noti come i Meganoidi, creati dal geniale ma imprudente scienziato Haran Sozo su Marte. Questi esseri, guidati dal enigmatico Don Zauker e dalla sua gelida sacerdotessa Koros, sono determinati a ridurre in schiavitù l'umanità, trasformando i suoi esemplari più forti in membri della loro leggendaria collettività. A fronteggiare questa terribile minaccia è Haran Banjo, figlio del creatore dei Meganoidi, che ha dedicato la sua vita a distruggerli. Con l’aiuto di un variegato gruppo di alleati, tra cui un astuto maggiordomo e una seducente giovane con un oscuro passato familiare, Banjo pilota il formidabile Daitarn 3, un robot capace di trasformarsi e di combattere. Man mano che la battaglia si intensifica, il gruppo scopre segreti del passato di Banjo e la verità sulla sua fuga da Marte, mentre l'ombra di Don Zauker continua ad avvolgere il pianeta, minacciando di far collidere Marte con la Terra in un conflitto finale epocale.