In una New York invasa da criminali e minacce misteriose, le Teenage Mutant Ninja Turtles si trovano ad affrontare una nuova e strana sfida: un'invenzione di un antagonista sconosciuto le riduce a dimensioni microscopiche. Mentre lottano per adattarsi al loro nuovo stato, i guerrieri dovranno affrontare nemici che prima sembravano banali, ora enormemente pericolosi. Con il destino della città e delle loro identità in gioco, Michelangelo, Donatello, Leonardo e Raffaello devono unire le forze per ripristinare la loro grandezza e fermare il malvagio piano che si cela nell'ombra.