In un contesto di conflitto e tensione, "Standard Operating Procedure" esplora le conseguenze delle decisioni prese dai soldati americani durante la guerra in Iraq. Attraverso interviste e testimonianze, il film mette in luce le esperienze di chi si è trovato a dover seguire protocolli che svelano il lato oscuro della guerra. I protagonisti si confrontano con le loro azioni, le cui ripercussioni etiche e morali mettono in discussione il concetto stesso di giustizia in un ambiente in cui la verità è distorta e il confine tra bene e male si fa sempre più labile.