In un futuro non troppo lontano, la città di Academy City è un crocevia di poteri paranormali e avanzate tecnologie. Qui, Un esperimento magico chiamato "Endymion" promette di rivoluzionare l'umanità, ma porta con sé oscuri pericoli. Toma Kamijo, un giovane con la capacità di annullare i poteri altrui, si ritrova coinvolto in una lotta tra forze che desiderano sfruttare Endymion per i propri scopi. Mentre le tensioni aumentano, alleanze inaspettate si formano e il destino della città è appeso a un filo, mentre il confine tra magia e scienza si fa sempre più sottile.