Nel 2005, in una piccola cittadina della Pennsylvania, si accende un acceso dibattito su un tema scottante: l'insegnamento del "Design Intelligente" nelle scuole pubbliche. "Judgment Day: Intelligent Design on Trial" segue gli eventi che ruotano attorno a un processo legale che vede contrapposti scienziati e sostenitori della teoria evolutiva contro i sostenitori della nuova teoria, che cerca di inserire la religione nell'insegnamento scientifico. Con un'atmosfera tesa e complessa, il documentario esplora le implicazioni sociali, etiche e culturali di questa controversia, ponendo domande fondamentali sulla scienza, la fede e il futuro dell'educazione.