In una scuola cattolica della New York degli anni '60, la rigidità delle regole e la sacralità dell'educazione sono messe alla prova quando la direttrice, la severa Suor Aloysius, sospetta che un giovane sacerdote, Padre Flynn, stia abusando della sua posizione. Mentre il sospetto cresce, la tensione tra le due figure si intensifica, dando vita a un conflitto morale che coinvolge anche gli studenti e il personale scolastico. Suor Aloysius è determinata a smascherare la verità, ma la mancanza di prove rende la sua battaglia ancora più complessa e dolorosa.