Nel 2199, la Terra è in grave pericolo a causa delle radiazioni letali provenienti da un pianeta nemico. I pochi sopravvissuti si rifugiano in bunker sotterranei, mentre la speranza svanisce. In questo contesto desolante, la giovane e determinata Susumu Kodai si unisce all'equipaggio della leggendaria nave spaziale Yamato, pronta a intraprendere un viaggio verso le lontane stelle in cerca di un modo per salvare il proprio pianeta. Mentre la Yamato affronta insidie intergalattiche e minacce sconosciute, il conflitto tra il dovere verso la propria gente e il desiderio di libertà e avventura si fa sempre più intenso. I membri dell'equipaggio devono superare le loro paure, legarsi come una famiglia e affrontare le sfide che il cosmo presenta, in un'epica avventura che metterà alla prova il loro coraggio e la loro determinazione.